正己酸在食品、醫藥，以及化學工業中用途廣泛。例如有正己酸和乙醇合成的正己酸乙酯是勾兌酒類的香精之一，與甘油合成的三己酸甘油酯是人造奶油和牛奶加工過程中的主要食品添加劑。檀香木油（sandalwood oil）和己酸生成的酯具有持久的香味，用于香料和香水的生產。此外正己酸還是合成避孕藥和癬藥，抗癌藥己雷瑣辛等的主要原料。己酸做為表面活性劑生產中的添加劑，可使產品成均勻，且澄清、透明。